1980年、ロサンゼルスで同じ高校に通っていたGreg Graffin(Vo)、Brett Gurewitz(Gt)、Jay Bentley(Ba)、Jay Ziskrout(Dr)によって結成。SOCIAL DISTORTIONのオープニング・アクトとして、カリフォルニアのwarehouseで初めてのライヴを行う。翌年1981年、自らのレコードを発売するためにBrett Gurewitzが中心となってレーベルEpitaph Recordsを立ち上げ、デビューEP『Bad Religion』をリリース。その後ドラマーがPete Finestoneに交代。
1982年、 1stアルバム『How Could Hell Be Any Worse?』リリース。 いくつかのバンドにカバーされた「We Are Only Gonna Die」が収録され、また「PartIII」で後にメンバーとなるCIRCLE JERKSのギタリスト、Greg Hetsonがゲスト参加している。
1983年、2ndアルバム『Into The Unknown』リリース。 BrettがGreg Graffinへ誕生日プレゼントとして贈ったシンセサイザーを楽曲へ導入。このアルバムは全くヒットせず、メンバーの殆どがこの作品を苦い思い出としている。現在は廃盤となっており、『Suffer』以前の殆どの作品が再発などの形で復刻されている中、このアルバムは一切のリイシューがない。後にGreg Graffinは“このアルバムの失敗がBAD RELIGIONがパンク・ロックを貫くことを決めた要因になった”と語っている。
この後Brettがドラッグ、アルコール中毒で音楽活動が困難となる。またGreg Graffinがウィスコンシンへ移り住むため脱退。JayはWASTED YOUTHに加入し、後にTSOLへと移った。Peteは英文学とアイルランド文学を学ぶためイギリスに渡った。そしてバンドはここで一時解散状態となる。
1984年、LAに戻ってきたGreg Graffinに、Greg Hetsonが再びバンドを結成するよう持ちかけた。そしてPeteがイギリスから帰国、WASTED YOUTHのTim Gallegosをベーシストに迎え、Brettのプロデュースにより、EP『Back To The Known』をリリースした。
1987年、Brett Gurewitzがバンドに復帰。
1988年、3rdアルバム『Suffer』リリース。現代パンク・ロックの立役者となった。彼らの特徴であるコーラスワーク(oozin aahsと呼ばれている)、早い楽曲、哀愁のあるメロディーなどはこの頃完全に確立される。
1989年、4thアルバム『No Control』リリース。
1990年、5thアルバム『Against The Grain』リリース。
1992年、6thアルバム『Generator』リリース。ドラマーがBobby Schayerに交代した。
1993年、7thアルバム『Recipe For Hate』リリース。代表曲「American Jesus」を収録した今作を最後にEpitaph Recordsを離れ、メジャー・レーベルのAtlantic Recordsへ移籍。
1994年、8thアルバム『Stranger Than Fiction』をリリースしたが、THE OFFSPRINGの『Smash』が大ヒットしたことによりレーベルとして大きくなっていったEpitaph Records社長も兼任しているBrettが、社長業に専念することを理由に脱退。 後任として、MINOR THREATやDAG NASTYのメンバーだったBrian Bakerが加入。
1996年、9thアルバム『The Gray Race』リリース。プロデューサーに元THE CARSのRic Ocasekを起用。
1998年、10thアルバム『No Substance』リリース。
2000年、11thアルバム『The New America』リリース。NEW YORK DOLLSやTXCの作品をプロデュースしたTodd Rundgrenをプロデューサーに迎えた。
2002年、 12thアルバム『The Process Of Belief』リリース。今作からEpitaph Recordsに復帰すると同時にBrett Gurewitzもバンドに復帰。また肩の腱鞘炎悪化によりBobby Schayerが脱退、彼に代わって元SUICIDAL TENDENCIESのBrooks Wackermanが加入したことも同時に発表された。ちなみにEpitaphは現在における最大規模のパンク・ロックレーベルでNOFXやTHE OFFSPRINGを輩出、RANCID、PENNYWISEなどが在籍している。また、DESCENDENTSなどのBAD RELIGIONに並ぶパンクレジェンドも在籍している。同年、Brettを含むメンバーでは初となる来日公演も果たしている。
2004年、13thアルバム『The Empire Strikes First』リリース。
2006年、ライブDVD『Live At The Palladium』リリース。PUNKSPRING 06に出演するため来日、単独公演も行う。
2007年、14thアルバム『New Maps Of Hell』リリース。
2009年、PUNKSPRING 09で来日。
2010年、結成30周年を迎え、15thアルバム『The Dissent of Man』リリース。
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